O desastre seguiu-se a um forte sistema meteorológico que resultou em chuva intensa, ventos fortes e até neve para partes do sudeste na madrugada de terça-feira.
A cidade de Mthatha foi uma das mais afetadas, com as águas das cheias a arrastarem um autocarro escolar, causando a morte de seis alunos e dois adultos.
Equipas de resgate encontraram o autocarro vazio na quarta-feira e confirmaram que quatro estudantes continuam desaparecidos.
Centenas de famílias ficaram desalojadas e dezenas de escolas e hospitais sofreram danos.
As autoridades afirmam que as operações de busca continuarão e que a extensão total da devastação ainda é desconhecida.
